Молекулярно-генетический анализ вирусоподобных элементов в геноме хвойных

Abstract

В статье описывается разнообразие вирусоподобных генетических элементов хвойных. Данные для последующего анализа и поиска вирусоподобных последовательностей в растительном геноме были получены в результате высокопроизводительного секвенирования на основе полупроводниковой детекции протонов (технология Ion Torrent). Приведены общие сведения о схеме секвенирования по этой технологии. В качестве исходного материала использовались геномные и транскриптомные ДНК- и кДНК-библиотеки сосны обыкновенной и ели европейской. Поиск среди полученных протяженных последовательностей проводился путем сопоставления с записями базы данных GenBank (National Center for Biotechnological Information – NCBI), с использованием онлайн-программы BLAST. Был аннотирован ряд последовательностей, имеющих сходство с ранее описанными вирусоподобными генетическими элементами. Среди них – ретротранспозоны групп Ty3/gypsy и Ty1/copia, содержащие длинные концевые повторы (LTR) и широко встречающиеся в геноме ели, а также ретротранспозоны, не содержащие LTR и относящиеся к семейству LINE. При этом все обнаруженные последовательности были уникальными, а большая их часть содержала последовательности различных генов первичного и вторичного метаболизма хвойных, что может косвенно свидетельствовать об их роли в формировании адаптивной изменчивости растений.