Идентификация и аннотация повторяющихся последовательностей в геноме Phoma sp 1.

Abstract

Фомоз (сухая гниль) посадочного материала – опасное инфекционное заболевание, вызываемое аскомицетными грибами рода Phoma и поражающее в лесных питомниках преимущественно сеянцы и саженцы Pinus и Picea. С целью совершенствования методов молекулярно-фитопатологического мониторинга необходима разработка набора генетических маркеров для ранней диагностики данного заболевания. В результате первичной обработки данных получено 5,7 млн. (840 млн. п.н.) высококачественных парноконцевых чтений генома Phoma sp.1, при этом порядка 4% последовательностей являлись высокоповторяющимися. На основании идентифицированных последовательностей высокоповторяющихся регионов ДНК, был проведен генетико-таксономический анализ Phoma sp. 1 с фитопатогенными видами аскомицетных грибов.