Поиск селективных маркеров, ассоциированных с аномальным ксилогенезом карельской березы (Betula pendula Roth. var. carelica Merkl.), с использованием высокопроизводительного секвенирования

Abstract

Объектами молекулярно-генетических исследований явились индивиды березы повислой (Betula pendula Roth.) и карельской березы (Betula pendula Roth. var. carelica Merkl.). Экспериментальный материал в виде клеток камбиальной ткани узорчатых и безузорчатых форм берез по отдельности был собран с различных участков (узлы и междоузлия) ствола деревьев. С использованием технологии высокопроизводительного секвенирования для каждого растения получены индивидуальные транскриптомные профили. Произведено выравнивание, сборка и аннотация контигов транскриптомных профилей берез, а также первичная обработка полученной информации. В результате проведенного исследования идентифицированы гены, ассоциированные с пролиферацией клеток камбиальной зоны (CesA, PIN1, ATHB-15, ARF6, ARF18, EBP1, TDR), а также наследственные детерминанты, контролирующие углеводный обмен (SUS, SWEET, DPE2). Аннотированные транскрибируемые последовательности являются перспективными ДНК-маркерами, которые могут быть использованы при проведении селекционных мероприятий, направленных на получение высокоузорчатых форм карельской березы. Для всех идентифицированных генетических маркеров разработаны наборы олигонуклеотидных праймеров, которые будут в дальнейшем использоваться для оценки уровня экспрессии селективных локусов карельской березы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.